这个问题没法回答，就以医院的建筑本身而言，如果某些建筑属于违建，不管你医院是什么级别、隶属于哪个部门，所在地的城管局都可以管你、让你拆除违建……再比如医院大门口发生交通阻塞了，所在地的交警部门同样可以来疏导交通，不是吗？想必提问者问的是同济医院行政上隶属于哪个部门。
同济医院，全名华中科技大学同济医学院附属同济医院。华中科技大学同济医学院其实就是以前的同济医科大学，后来在高校改革中被整体并入了华中科技大学，这一点跟本人的母校四川大学华西医学院（中心）是一样的。顺带说一下，位于上海的同济大学也有一个同济医院，但跟武汉的那个并不是一回事，充其量也就是“同一个祖宗的堂兄弟罢了”。同济本人不太了解，但华西多少还是知道点儿的。
就以四川的大学华西医院为例，它在行政上直接隶属四川的大学，与其所在地四川省和成都市和成都市不存在行政上的隶属关系。比如华西医院的院领导，都是由四川大学任命的，而不是四川省或成都市的有关部门。同济医院亦然，它是华中科技大学的附属医院，行政上自然是直接隶属华中科技大学，而不是湖北省或武汉市。
但这仅仅是行政上的隶属关系，涉及业务方面的问题，同济医院所在地武汉市的卫健委、医保局等等，依然可以管得到同济医院的具体某些事务的。比如涉及到医保等等，武汉市的医保部门是完全可以管到同济医院相关事务的。
不过，在有些方面，不同的医学院之间是存在差异的。比如本人的母校，四川大学华西医院与四川大学华西临床医学院是合署的，临床医学院与华西医院是同一套班子，华西医院的院长、书记就是临床医学院的院长、书记。虽然有四川大学华西医学院（中心）的说法，但只是一个虚化的概念，这一级并没有实设的管理机构。无论临床医学院还是华西医院，都是由四川大学直管的。至于华中科技大学同济医学院是否与四川大学华西医学院（中心）一样属于虚化概念，本人就不太清楚了。
但是在某些高校，医学院与附属医院却并不合署，属于两个不同的部门。比如扬州大学，他的医学院与附属医院就不是合署的，扬州大学的附属医院是原来的扬州市第一人民医院，与扬州大学医学院完全是两套班子，医学院管不到附属医院、附属医院也管不到医学院，相互之间只是协作关系。还有一些高校，一所附属医院就是一个临床医学院，这也是不少医学院为什么会有第一临床医学院、第二临床医学院等等的原因所在。比如中国医科大学，其附一院是一个临床医学院、盛京医院又是一个临床医学院……不过，这同样属于合署，只不过分得更细一些罢了。
但不管怎么个分法，高校的附属医院在行政上都是隶属所在高校的。从人员编制上说，高校附属医院占用的是高校的事业编制，而不是当地卫生系统的事业编制。当然，现在的一些所谓非直属附属医院不在此列，比如某些医院，虽然也叫某高校的附属医院，但这些医院的主管部门是当地卫健委、不是那所高校……这其实就是附属医院与所谓非直属附属医院的区别。
同济医院不管是归同济医学院管、还是单独建制的临床医学院，归根结底都是归华中科技大学管的，这一点毋庸置疑，而其他大多数医院都是归所在地卫健委或上级行政区卫健委管的。当然，还有一些特殊的医院，隶属关系又有所不同。比如位于江苏扬州的五台山医院（精神科专科医院）就是隶属省民政厅的，虽然也是医院，但行政隶属关系却不在卫生口。
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