小微企业开具增值税专用发票，没有进项税怎么办，这个问题看似简单，实则要从纳税人的身份和存在的风险来分析！
一、纳税人的身份。
题主之说是小微企业，没说纳税人是一般纳税人还是小规模纳税人，因为小微企业的标准是：资产小于5000万元，从业人数小于300人，应纳税所得额小于300万元。
这样的话，无论是一般纳税人还是小规模纳税人都有可能是小微企业，下面从这两个方面来分析一下。
1、小规模纳税人
因为小规模纳税人的增值税施行简易计税办法，增值税的征收率为3%，现在有优惠政策，减按1%征收。举个例子：
小规模纳税人销售额101万元，应交增值税＝101/（1+1%）×1%＝1万元。
所以有没有进项，对增值税来说无所谓，没什么影响。
但是，对企业所得税有影响，因为题主说的没有进项很可能是指没有发票，因为按国家税务总局2018年第28号公告的规定，一般情况下，未取得发票的支出，不允许在企业所得税前扣除，这就可能造成企业的应纳税所得额超过300万元的标准，不能享受享受企业所得税的优惠政策。
举个简单的例子，一家小微企业，年收入1000万元，成本及费用等750万元，利润总额＝1000-750＝250万元。
如果750万元成本费用都取得了合法有效的票据，按照规定，符合条件的小微企业，年应纳税所得额不超过100万元的，减按25%适用20%税率计算缴纳企业所得税，年应纳税所得额大于100万元不超过300万元的，减按50%适用20%计算缴纳企业所得税，所以，应交企业所得税＝100×25%×20%+150×50%×20%＝20万元；
如果750万元中有100万元未取得合法有效的票据，应纳税所得额＝250+100＝350万元，应纳税所得额＞300万元，不能享受优惠政策，应交企业所得税＝350×25%＝87.5万元。
可见，这100万元成本发票，影响应交企业所得税87.5-20=67.5万元！
2、一般纳税人。
对于一般纳税人来说，没有进项可供抵扣，后果是非常严重的。
一般纳税人的计税方法是销项税额减去进项税额得出应交的增值税。
假设，两家一般纳税人建筑公司，增值税税率为9%，同样1000万元的不含税收入，有进项发票抵扣的，可能增值税只要交20-30万元，没有进项抵扣的企业，就得实实在在的交90万元，这税负率太高了！
对于企业所得税来说，同样是影响企业所得税的应纳税所得额，同样影响应交的企业所得税，和小规模纳税人一样，在此不再赘述！
二、税收风险。
经过上面的分析，公司没有进项发票抵扣，会多交税，这一点毋庸置疑！
试想一下，市场上有10家经营同样业务，同样规模，其他条件也都差不多的企业，你家一年交税100万元，另外9家一年都是交10万元左右，是不是你家的税负率很不正常？
提醒大家一句，税务机关会通过大数据对比企业的税负率，推断企业是否诚信纳税。大数据的功能之强大，想必大家都知道吧？
税负率过低会让税务局警觉，税负率过高，同样会引来税务稽查！
试想一下，当税务人员询问企业为什么没有进项的时候，企业可能会说：我们公司愿意给国家多纳税还不行吗？
那么，税务机关会对你说：行是行，但是，你们公司交的还不够多！
接着，税务人员会进一步核查，发现企业用自制白条入账、未取得合规票据等，销售成本严重不实，而且企业没法证实业务发生的真实性。
最终税务人员依法要求企业对应纳税所得额进行了纳税调增，补缴企业所得税、罚款与滞纳金。
另外，企业在正常经营过程中，有销项，有进项才正常，只有销项没进项或者有进项没销项，都是不正常的。
最后说一下，按照发票管理办法的规定，依法开具发票和依法取得发票，既是大家的权利也是大家的义务！
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