你好，我是北京律师、注册会计师，很高兴回答你的问题。
通过直接持股的公司控制其他公司，这么做的主要原因如下：
一、实现节税
《企业所得税法》第二十六条规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，为免税收入。
我们做如下设例：
（1）如果自然人直接持股A1公司，A1公司向自然人分红时需要缴纳20%的个人所得税。
（2）而如果自然人通过直接持股的A公司持股A1公司，A1公司向A公司分红时可以免税，自然人可以将资金留在A公司，通过A公司进行资金运作，实现节税的效果。
如下图所示：
二、通过较少的资金控制公司，实现杠杆效果
一般情形下，股东要想绝对控制公司，要持股2/3（67%）以上。
我们做如下设例：
（1）如果自然人直接持股A1公司（注册资本100万），自然人需要出资67万才能实现控股。
（2）如果自然人通过直接持股的A公司（注册资本67万）控股A1公司（注册资本100万），A公司需要出资67万控股A1公司，而自然人只需要出资45万（67万×67%）控股A公司，就能实现通过A公司控股A1公司的效果。继续通过多层嵌套，还能节约更多资金。（注：为了贴合问题，自然人和A公司之间还可以再加一层自然人出资45万100%持股的公司，以便于理解）
如下图所示：
三、隔离风险
根据《公司法》第三条规定的人格独立原则，一般情形下，公司股东仅以出资额为限对公司承担责任。也就是说，公司股东一般只在出资范围内对公司债权人承担责任。
但是，在股东与公司发生人格混同、股东对公司清算存在过错等特殊情形下，股东要对公司债权人承担全部责任，而不仅仅是在出资范围内。
同样，我们做如下设例：
（1）如果自然人直接持股A1公司，A1公司的债权人有可能在特殊情形下突破A1公司，直接请求自然人承担责任。因此，风险环节涵盖自然人与A1公司。
（2）如果自然人通过直接持股的A公司持股A1公司，A1公司的债权人有可能在特殊情形下突破A1公司，直接请求A公司承担责任，但一般不可能再请求自然人承担责任。因此，风险环节只涵盖A公司和A1公司。
如下图所示：
四、便于集团化管理
对于多元化经营企业，每种业务形态一般都需要单独成立公司进行运营。作为创始人的自然人，不可能对每家业务公司进行管理，这会消耗大量精力。这就需要成立集团公司，在集团公司组建管理团队对每家业务公司进行管理。创始人只需要把主要精力放在集团公司层面，通过集团公司就可以掌握每家业务公司的运营情况，从而将更多的精力用于统筹资源和思考公司整体战略。
如下图所示：
以上，供参考。如有其他问题，可继续留言或私信讨论。
