菩提祖师真的是一个怪人，教了孙悟空武功，但是"警告"孙悟空坚决不能提自己的名字，甚至就连孙悟空再去找他的时候，都发现，菩提祖师的地方很是荒凉，菩提祖师就这么莫名其妙的消失了，菩提祖师为什么消失了？他的所作所为有什么隐意吗？
电视剧版中，在孙悟空四处寻访医治人参果树的仙方时，设置了一个桥段，让孙悟空选择了前往灵台山求助。
然而，灵台山三星洞已然尽失往日仙境风采，破败不堪，人去楼空。面对这般场景，孙悟空回想起自己下山时须菩提祖师的警告，潸然泪下，"师父果然不再见我……"
孙悟空为什么这么说？那是因为菩提祖师赶孙悟空下山的时候让他不要报自己名号，还有一层意思，不要让他惹是生非，但是孙悟空呢，其实并没有做到，那么，菩提祖师真的是因为这个原因消失的吗？
有一则说，那是因为孙悟空大闹天宫，本领太过于强大，想想天地之间的仙佛，也就可以大致的猜出一二了。所以，菩提祖师怕惹祸上身，就关了这个学艺之堂。
还有一则说，菩提祖师是如来的师弟，目的就是为了教孙悟空法术，教会了 ，自然就功成身退，云游四方去了。但是关于菩提祖师为什么消失，并没有一个准确答案。
小说中，悟空学艺的地方"灵台方寸山、斜月三星洞"，众所周知这地名就是"心"的隐喻。孙悟空在此所学的两项看家本领也和"心"有关系，七十二变说的是相多，筋斗云说的是速度快。
俗话说：" 心之所向，无往而不利。"由此可见，心的作用非比一般。而这两项技能，都恰恰是"心"的特点。
【菩提本无树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃】所以，最后孙悟空想回来看看，也是再也找不到了，因为本就在自己的心中，何必再要去苦苦的寻找呢？
当然，以上的说法太具有哲理性，关于菩提祖师为什么消失，有网友认为，菩提祖师作为得道高人，不参与三界战争并不合理，因此，为了彻底搞清菩提老祖的身份，我们需要回到创世神话的时代，从创始元灵讲起。
宇宙诞生之初，没有天地之分，也没有十方世界，只是一团混沌。在混沌宇宙中有一股元灵，经过无数劫修行，获得了道果，成为混沌宇宙唯一的觉醒者，被称为创始元灵。
元灵身上又分出了四个灵窍初开的生灵。创始元灵极为珍惜这些生灵，每人教会了一个修行的法门。老大鸿钧，修"玄清气"，老二混鲲，修"玄灵气"，老三女娲，修"玄空气"，老四陆压，修"玄明气"，合在一起则为"清灵空明"。他们便是大名鼎鼎的鸿钧老祖、混鲲祖师、女娲娘娘、陆压道君。
老大鸿钧老祖与老二混鲲祖师都收有徒弟，开枝散叶，形成了各门各派，但老三女娲娘娘和老四陆压道君好像没有徒弟，至少文献上没有任何记载。
鸿钧老祖又收了三个徒弟，分别是大弟子道德天尊、二弟子元始天尊、三弟子通条教主。创世二弟子混鲲祖师一生收徒无数，蟒蛇狮子猴子等来者不拒。他的徒弟无数，成为妖怪的居多，得道的不多，其中最得意的两位，分布是大弟子接引道人和二弟子准提道人。
二人一起创立了西方教，分别担任大小教主。大弟子接引道人转世印度，最终成为释迦牟尼佛祖，创立了佛教。二弟子准提道人转世为菩提老祖，在释迦牟尼佛祖创立佛界初期，与释迦牟尼佛祖发生变故，非常突然地从西方消失。
原来的西方教全部并入佛教，菩提老祖派的流亡的流亡，被害的被害。作为西方教的创始人之一、佛教的联合创始人，菩提老祖就这样消失得没了踪迹。
而我们再一想，孙悟空取经取得是如来佛祖的经，他来找自己师傅，显然不是让自己师傅重新出现在众人面前？并且，在菩提老祖心里，他应该是不想帮孙悟空的，这是立场问题，无关对错。
菩提老祖与如来佛祖虽然是同门师兄弟，但是二人关系并不是很好，菩提祖师躲起来一是怕师兄重新找上门来，而是他自己并不想与如来佛祖发生关系。
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